III 李代桃僵:方舟子JBC论文的奥秘
在今天,很多人都以为方舟子发表在JBC上的论文就是他的博士论文的全部。其实,这是一个只看内容、不看表面的错误认识。就内容来说,这两篇东西确实是相似的;但在表面上,这两个东西却截然不同。方舟子博士论文的题目是:The Structure and Function of Human RAP30, the Small Subunit of General Transcription Factor TFIIF;而JBC论文的题目是:RNA Polymerase
II-associated Protein (RAP) 74 Binds Transcription Factor (TF) IIB and Blocks
TFIIB-RAP30 Binding.
也就是说,方舟子的博士论文研究的是RAP30,但发表的文章却是以RAP74为主题。这是怎么回事呢?
我们先看方舟子JBC论文的摘要:A set of deletion mutants of human RNA polymerase
II-associated protein (RAP) 30, the small subunit of transcription factor IIF
(TFIIF; RAP30/74), was constructed to map functional domains. Mutants were tested
for accurate transcriptional activity, RAP74 binding, and TFIIB binding.
Transcription assays indicate the importance of both N- and C-terminal sequences
for RAP30 function. RAP74 binds to the N-terminal region of RAP30 between amino acids
1 and 98. TFIIB binds to an overlapping region of RAP30, localized to amino acids
1-176 (amino acids 27-152 comprise a minimal binding region). The C-terminal region
of RAP74 (amino acids 358-517) binds directly and independently to TFIIB.
Interestingly, RAP74 blocks TFIIB-RAP30 binding, both by binding TFIIB and by
binding RAP30. When the TFIIF complex is intact, therefore, TFIIB-TFIIF contact
is maintained through RAP74. If the TFIIB-RAP30 interaction is
physiologically important, the TFIIF complex must dissociate within some
transcription complexes. (JBC 271, 11703-11709). (
http://www.jbc.org/cgi/content/full/271/20/11703)
这个摘要所叙述的内容和我们上面分解的方舟子博士论文基本相同。那么,方舟子的论文为什么要以RAP74为标题,而不是以RAP30为标题呢?
方舟子的JBC文章,投稿时间是1995年10月,也就是他离开MSU的前夕。但这篇稿子被编辑要求修改,编辑部直到1996年2月才收到修改稿,当时方舟子已经离开MSU一个多月了。从时间的跨度上来判断,编辑所要求的修改内容肯定不是关于文字的,而是关于试验方面的。方舟子到底作了什么样的修改,他是如何修改的,我们今天都不得而知,也没有必要做毫无根据的猜测。我们只需要根据这篇修改后的文章的内容,做出合乎逻辑的分析。
我们要分析的第一个问题就是:方舟子的六个发现,是不是他首次做出的?根据方舟子的那篇JBC论文所引用的文献,我们知道,早在1993年,Nucleic Acids Research (21, 273-279)上就发表了日本科学家和耶鲁大学的科学家的论文,题目是:Domain structure of a human general
transcription initiation factor, TFIIF。作者在这篇论文中报告说,他们根据RAP30和RAP74基因的末端长度缺失突变克隆,确定了各自的功能区域。具体地说就是,RAP30的1-110序列与RAP74的62-171区域相互作用;而RAP74的两段区域对RAN聚合酶的活性有影响。这项研究实际上包括了方舟子“六大发现”的前两项:方舟子的第一项实验,不过是照搬这篇论文的思路,用RAP30来代替RAP74(所以他只需要一天就能够想好一年的试验);而第二项发现,不过是把人家鉴定的1-110区域,缩短到1-98区域而已。
但是,事情并没有到此为止。1995年6月,也就是在方舟子投稿JBC之前四个月,美国科学院院刊发表了一篇来自俄克拉荷马大学的文章,第一作者是Tan Siyuan。(Tan, S., Conaway, R.C.
and Conaway, J.W. Dissection of Transcription Factor TFIIF Functional Domains
Required for Initiation and Elongation. PNAS 92, 6042-6046)。这篇文章把RAP30的功能区域分析鉴定得淋漓尽致:如:与RAP74的结合区域在16-30之间,与RAN聚合酶II的结合区域在91-135之间;与DNA结合的区域在136-240之间。这项工作之所以能够作得如此细致,最主要的原因是他们采用内部小片段缺失突变技术。换句话说,早在方舟子之前半年,就有人把他的第一、二、三项发现做出了,而且做得更加精彩。这项工作发表在PNAS (影响因子大约是JBC的二倍)上,可以说是名符其实(Tan Siyuan文章的投稿日期是1995年3月)。
那么,方舟子的第四项发现,即RAP30与TFIIB结合的位点,是不是他的首次发现呢?1993年,
Genes Dev. (7, 1021-1032) 上发表了一篇文章,首次报道TFIIB的N末端与RAP30结合。方舟子的研究,实际上就是要反过来确定RAP30的哪个区域与TFIIB结合。但实际上,方舟子的发现是,几乎RAP30的所有区域(1-176,占全部长度的70%)都与TFIIB结合。这在科学上,属於没有多大意义的结果,也可以说它是“半失败(half failure)”。为了弥补这个“半失败”的试验,方舟子於是转而使用
Wang Bo Qing的RAP74克隆来重复这些试验(见:Wang, Bo Qing, Burton, Zachary F.
Functional Domains of Human RAP74 Including a Masked Polymerase Binding Domain.
JBC 270, 27035-27044),结果发现RAP74的C末端与TFIIB结合(第五发现),并且这个结合阻止TFIIB与RAP30之间的结合(第六发现)。这就是方舟子论文中的“唯二”新发现。所以,他的JBC论文必须以RAP74为主题才能够发表。如果以RAP30为主题投稿的话,他的结果不仅在时间上比Tan Siyuan落后,在水平上,更是差了一大截。
也许有人会问:方舟子RAP30试验失败的原因是什么呢?当然是因为他最初试验设计的粗糙简单,只图省事,照抄照搬别人的研究方法。假如他当初肯花些工夫,做一些内部缺失突变和点突变克隆,他就可以比Tan Siyuan更上一层楼,找到活性区域内的活性位点。那样的话,他就不需要借用Wang Bo Qing的克隆来完成自己的博士论文了,也不需要在离开MSU之后还修改论文,更可能会把论文发表在高一级别的杂志上。
IV 苦大仇深的根源?
说来好笑,在科学这个领域战胜方舟子的,竟然都是大陆学人:方舟子博士论文中,唯一具有科学意义的发现,是根据本实验室的师兄弟/姊妹Wang Bo Qing的克隆得出的;而完全是由他自己做出来的试验结果,在俄克拉荷马大学Tan Siyuan的论文面前,则显得毫无价值。
我在“方舟子‘苦大仇深’?”一节中曾说:“在最初,我对方舟子的感觉就是,此人好象是一肚子‘苦大仇深’,‘与世界充满恨’。至於它的原因是什么,我当时不知道,今天也还没有弄清楚。”在写完上面一段之后,我有了豁然开朗的感觉:方舟子在他初出茅庐的科研生涯中,先是生活在Wang Bo Qing的阴影之下,最后是惨败在Tan Siyuan的手下。心比天高、才比纸薄、量比针鼻儿还小的方舟子,对此很自然地会发出“既生是民、何生他人”的哀叹,进而滋生怨天尤人的仇恨心理。他后来对中国学者,尤其是中国的海外学者,特别仇视,与他在MSU做论文时的坎坷经历,不可能完全没有关系。
【注1:Wang Bo Qing在1992-1995年间,与巴顿共发表了六篇论文,三篇JBC,二篇Protein Expr Purif. ,一篇Nature。其中三篇是第一作者,两篇第二作者。在那篇Nature论文中,Wang Bo Qing排在第五位,恰好在方舟子之前。】
【注2:Tan Siyuan在1994-1995年间,作为第一作者至少发表了三篇论文:
Tan S, Conaway RC, Conaway JW. Dissection of transcription factor TFIIF
functional domains required for initiation and elongation. Proc Natl Acad Sci U S
A. 1995 Jun 20;92(13):6042-6.
Tan S, Garrett KP, Conaway RC, Conaway JW. Cryptic DNA-binding domain in the C
terminus of RNA polymerase II general transcription factor RAP30. Proc Natl Acad Sci
U S A. 1994 Oct 11;91(21):9808-12.
Tan S, Aso T, Conaway RC, Conaway JW. Roles for both the RAP30 and RAP74 subunits
of transcription factor IIF in transcription initiation and elongation by RNA
polymerase II.J Biol Chem. 1994 Oct 14;269(41):25684-91.】
【注3:按照学术界的惯例,方舟子完全应该把Wang Bo Qing列为他的JBC论文的作者之一。换句话说,Wang Bo Qing对方舟子论文的贡献,绝对超过方舟子对1992年那篇Nature论文的贡献。但实际上,方舟子JBC论文的作者只有方舟子和巴顿两人──Wang Bo Qing连个致谢都没有得到。相反,Wang Bo Qing在自己的RAP74论文中,向方舟子致谢:“We thank laboratory members ……S.
M. Fang for sequence analysis……”这也证明,方舟子并没有参与RAP74的基因突变克隆工作。】
[点评:大家已经不难看出,方舟子的博士论文不过是“艺术剽窃”而已,没有任何学术价值,方舟子博士很清楚这一点,所以他仅仅告诉世人他发表了博士论文,但是从来没有详细地说他的论文研究了些什么玩艺。可见,方舟子的打假是贼喊捉贼。]